Penggunaan pupuk ini secara terus menerus dan berlebihan untuk meningkatkan produksi pertanian, tanpa diimbangi pemberian pupuk organik akan menimbulkan “levelling off, terutama pada lahan sawah". Sementara itu, penggunaan pupuk organik di Indonesia masih menghadapi berbagai kendala. Penggunaannya di lapangan belum optimal.
Namun peran pupuk organik ini ke depan sangat penting dan strategis, di samping dapat mendongkrak levelling off dan perbaikan tingkat kesuburan tanah, penggunaan pupuk organik ini dapat secara langsung atau tidak langsung mengurangi kebutuhan pupuk anorganik.
Jika penggunaan pupuk organik tersebut meningkat, pada gilirannya dapat menambah kapasitas ekspor perusahaan pupuk anorganik dalam negeri sehingga dapat menambah devisa negara. Apalagi Krisis ekonomi global, penyediaan pupuk yang akhir-akhir ini semakin langka di lapangan merupakan tantangan yang perlu dicarikan solusinya
Produksi dan produktivitas tanaman, sangat dipengaruhi oleh input utama produksi yaitu pupuk. Namun beberapa tahun terakhir ini, kebutuhan akan pupuk terus meningkat, sehingga keberadaannya semakin sulit dan harganya semakin tinggi. Kekurangan pupuk selain disebabkan produksinya yang terbatas, juga disebabkan oleh pendistribusiannya yang kurang baik dan pemakaian yang berlebihan di beberapa tempat.
Oleh karena itu perlu upaya untuk mengembangkan dan memproduksi pupuk organik, untuk mensubstitusi pupuk an-organik yang sudah ada, serta menerapkan teknologi pupuk dan pemupukan yang lebih efisien. Pengembangan industri pupuk organik mempunyai arti yang strategis karena serasi dengan tuntutan masyarakat dunia yang menginginkan dan lebih rnenghargai produk alarni yang bebas dari bahan kimia berbahaya dan ramah lingkungan.
Beberapa permasalahan yang muncul pada saat penggunaan pupuk organik, perlu mendapat perhatian bagi para ahli agronorni. Pupuk organik yang semula hanya berupa kompos ataupun pupuk kandang dengan produksi dan pemakaian lokal, berubah menjadi suatu komoditas yang diperlukan pada sebaran lokasi dan komoditas yang lebih luas. Permasalahan yang muncul antara lain standarisasi mutu pupuk organik, kapasitas produksi, regulasi maupun teknis distribusi dan efektifitas terhadap hasil maupun ekonomi usaha taninya (dikutip dari hasil Seminar nasional Peragi dengan tema “Permasalahan dan Kebijakan Pupuk Organik di Indonesia”. 17 Desember di Botani Square –Bogor)
